아직 어렸던 그 날 아네모네의 아버지 켄은 어린 그녀를 남기고 전쟁에 나갔고, 그리고 돌아오지 않았다. 제대로 된 이별 인사도 하지 못한 아네모네의 작은 가슴에 깊은 후회를 남기고... 7년이 지나고 아네모네는 아버지가 죽은 전장, 도쿄에 있었다. 인류의 적인 7번째 유레카 = 유레카 세븐에 맞서기 위한 조직, 아시드의 일원으로서 인류의 희망을 짊어진 아네모네는 유레카 세븐의 내부로 침입한다. 아네모네가 유레카 세븐의 안에서 만난 건 도미니크라는 청년과 유레카라는 푸른 머리카락의 소녀. 이 만남이 의미하는 것은 무엇인가? 그리고 언뜻 스쳐 지나가는 랜턴이라는 이름을 가진 소년의 모습... 아시드에 잡혀있던 수수께끼의 남자, 듀이는 예언한다.